微生物群落在促进养分循环、协助植物生长、维持人体健康等方面发挥着重要的作用。群落关键种对维持微生物群落稳定性具有重要影响，识别关键种一直是微生物生态学中的热点话题。识别关键种主要有两种框架：数据驱动的方法（data driven method）和去除实验（perturbation experiment）。本文主要介绍数据驱动的方法——top-down方法，该方法源于论文：Top-down identification of keystone taxa in the microbiome。该方法通过计算Empirical Presence-abundance Interrelation (EPI)来衡量物种的重要性。

这里的某物种 i 的EPI有三种衡量方法：

本资源包含如下文件：

1. EPI_function.R : 计算上述三种EPI值——D1、D2、Q的R函数
2. keystone_EPI: 读取OTU表，并对OTU进行预处理，调用EPI函数计算不同物种的EPI值（D1、D2和Q）
3. 测试数据：OTU table